Durante la minoría de Alfonso XI fuerzas de Villa Real mandadas por el alcaide de Jaén y respaldadas por los infantes regentes, ocuparon varias aldeas y pueblos, entre ellos Picón, que hasta entonces se encontraba en manos de la Orden de Calatrava, dependiendo de la encomienda de Benavente. Una sentencia fechada el 11 de mayo de 1329 ordenaba al Concejo de Villa Real a devolver a la Orden varios castillos, pueblos y molinos, encontrándose entre ellos el de Picón.
En 1485 Picón es declarada villa independiente, siendo obra de este siglo la construcción de la nueva iglesia parroquial de San Sebastián, por haberse arruinado la primitiva del Salvador, situada en las afueras del pueblo.
Del siglo XVI es la construcción de la Casa Ayuntamiento. En el mes de abril de 1564 se enajena el señorío de esta villa por la Real Hacienda, pasando ahora a manos de D. Luis Alfonso de Estrada, regidor de Ciudad Real, transmitiéndoles los derechos que hasta entonces pertenecían a la Mesa Maestral y a la encomienda de Alcolea de Calatrava.
A partir de esta enajenación, la dependencia respecto a la Orden de Calatrava quedó muy diluida, aunque en el Catastro de Ensenada de 1754, esta villa aparece clasificada como de jurisdicción compartida entre la Orden y el Señorío, teniendo entonces una población de 122 vecinos, casi todos dedicados a las tareas agrícolas.
En 1740 y 1771 figuran pleitos sobre la vinculación de esta villa a distintos señoríos.
En 1848, Madoz afirma que este pueblo se compone de 110 casa de mala construcción, estando dotado de iglesia y disponiendo de varias dehesas (Prado de Picón, Santa María de Guadiana, Sedano y Prado Redondo) y un puente y molino (Gaitanejo) sobre el río Guadiana.
